Годунов дал знать Елисавете в своей грамоте, что государь «для тебя, сестры своей, и для нашего печалования твоих подданных пожаловал больше прежнего. А я об них вперед буду государю своему печаловаться и держать их под своею рукою, буду славить перед государем и государынею твои к себе милость и ласку». Благодаря кровному, любительному приятельству Елисаветы к Годунову английские купцы освободились от платежа пошлин, простиравшихся более чем на 2000 фунтов стерлингов в год. Но доходили жалобы других иностранных купцов, что англичане не пропускают кораблей их к Московскому государству. Вследствие этих жалоб царь писал Елисавете: «Бьют нам челом многие немцы разных земель, англичане (не из компании), французы, нидерландцы и других земель на твоих гостей, что они кораблей их к нашему государству пропускать не хотят. Мы этому и верить не хотим; а если так делается в самом деле, то это твоих гостей правда ли, что за наше великое жалованье иноземцев отгоняют? Божию дорогу, океан-море как можно перенять, унять и затворить?» С другой стороны, министры Елисаветины прислали на имя Годунова и Щелкалова грамоту, в которой прописаны были жалобы английских купцов на московских приказных людей. Щелкалов отвечал один: «К такому великому человеку (Годунову) писали вы многие непригожие слова, поверя непрямым людям, ворам. Пишете в своей грамоте с укоризною к такому честному и великому человеку, к шурину государскому, будто вашим торговым людям и жить нельзя, потому что им от приказных людей жесточь великая, и торговать перестать хотят, и если торговать перестанут, то будет бесчестно государю нашему и его приказным людям. За такие слова боярин Годунов сам в своей грамоте писать к вам не захотел, словам вашим очень подивился и приказал мне вам отписать».
Сношения возобновились по делу англичанина Антона Мерша, который набрал в долг денег у Годунова, бояр, служилых людей, у купцов, монахов и объявил, что эти деньги на общий расход, в общие товары; но товарищи его отказались платить долги, объявили, что Мерш брал деньги без их ведома, на себя.