По свидетельству Флетчера, царь приказывал призывать на собор тех из принадлежавших к Думе вельмож, которых сам заблагорассудит, патриарх же приглашал, кроме митрополитов и архиепископов, тех епископов, архимандритов я монахов, которые пользовались особенною известностию и уважением. Соборы обыкновенно созывались по пятницам, в Столовой палате; царь садился на троне, недалеко от него, за небольшим четырехугольным столом, за которым могло поместиться человек двенадцать, садился патриарх с духовенством и некоторые из знатнейших членов Думы с двумя дьяками, которые записывали все, что происходило; прочие члены садились на скамьях около стены. Потом один из дьяков излагал содержание дела, для рассуждения о котором созван собор; спрошенные о мнении духовные лица обыкновенно отвечали, что государь и Дума его премудры, опытны, гораздо способнее их судить о том, что полезно для государства, потому что они, духовные, занимаются только служением богу и предметами, относящимися до религии, и потому просят государя и думных людей сделать нужное постановление, а они вместо советов будут помогать им молитвами.
Для управления делами внешними и внутренними существовали приказы, и некоторые из них носят название четвертей, или четей: первый - Посольский, находившийся в ведении думного дьяка Андрея Щелкалова, получавшего 100 рублей жалованья; второй - Разрядный - в ведении Василия Щелкалова, за которого управлял Сапун Абрамов; жалованье и здесь было то же - 100 рублей; третий - Поместный - в ведении думного дьяка Елизара Вылузгина, получавшего 500 рублей жалованья; четвертый - Казанского дворца - в ведении думного дьяка Дружины Пантелеева, человека замечательного по уму и расторопности; он получал 150 рублей в год. В царских грамотах четверти называются по имени дьяков, ими управлявших, например: «Четверть дьяка нашего Василья Щелкалова». В других же приказах сидели бояре и окольничие: так, в 1577 году царь приказал сидеть в Разбойном приказе боярину князю Куракину и окольничему князю Лобанову.