Патриарх Иов в житии Феодора говорит, что царь вручил скипетр супруге своей; но в других памятниках, заслуживающих в этом отношении большего доверия, в избирательных грамотах Годунова и Михаила Феодоровича, сказано: «После себя великий государь оставил свою благоверную великую государыню Ирину Федоровну на всех своих великих государствах». Но понятно, как велика разница между выражениями «вручить скипетр» и «оставить после себя на престоле». Действительно, по смерти Феодора оставалась особа, к нему самая близкая, носившая царский титул, Ирина, и ей поспешили присягнуть, чтоб избежать междуцарствия. Но Ирина отказалась от престола, объявив желание постричься; патриарх с боярами и народом били ей челом, чтоб не оставила их, сирот, до конца была бы на государстве, а править велела брату своему Борису Федоровичу, как было при покойном царе. Много раз били об этом челом Ирине, но она не согласилась и в девятый день по кончине мужа выехала из дворца в Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры.
Во главе правления должен был стать патриарх, как первое лицо в государстве после царя. О том, как решались дела в это время, всего лучше может дать нам понятие следующее местническое дело: «Писал государыне царице иноке Александре Федоровне из Смоленска князь Трубецкой на князя Голицына, что тот никаких дел с ним не делает, думая, что ему меньше его, Трубецкого, быть невместно. По царицыну указу бояре, князь Федор Иванович Мстиславский с товарищами, сказывали о том патриарху Иову, и по царицыну указу писал патриарх Иов к Голицыну, чтоб он всякие дела делал с Трубецким, а не станет делать, то патриарх Иов со всем собором и со всеми боярами приговорили послать его Трубецкому головою».
Итак, несмотря на то что Ирина заключилась в монастыре, дела производились по ее указу; по ее указу бояре сказывают патриарху о деле, патриарх с собором и боярами приговаривает и пишет об исполнении приговоров.