Годунов заботился и о туземцах: в 1598 году он писал, чтобы не брать у тюменских татар подвод для гонцов, не взыскивать ясака с татар и остяков бедных, старых, больных и увечных; заботился о примирении выгод туземцев и русских переселенцев, писал верхотурскому воеводе, чтоб он вогуличам с верхотурскими торговыми людьми сенные покосы, рыбные и звериные ловли и всякие угодья поделил, как доведется, чтобы вогуличам нужды не было и верхотурским торговым людям чтобы также нужды не было. Крещеных дикарей велено было записывать в стрельцы; церкви в новопостроенных городах были снабжаемы книгами.
Так распоряжался Борис в странах новоприобретенных и новонаселенных. Теперь взглянем на его распоряжения в старых областях Московского государства. В 1599 году патриарх объявил, что грамота, данная Грозным митрополиту Афанасию, ветха, и потому Борис возобновил ее на свое имя: в этой грамоте подтверждено, что духовенство патриарших монастырей и все люди, служащие патриарху и живущие на его землях и землях его монастырей, подлежат только его патриаршему суду, исключая душегубство; кроме того, крестьяне патриаршие и его монастырей освобождены от разных повинностей.
Мы видели, что в 1580 году жители города Хлынова просили царя, чтоб у них был основан монастырь; теперь, в 1599 году, жители вятского же города Слободского били челом, что у них много людей желают постричься, но нет монастыря, а которые уже постриглись, то волочатся без пристрой между дворов, отца духовного у них близко нет и они помирают без покаяния и причащения; есть монастырь Успенский в Хлынове, но далеко, да посадским людям и волостным крестьянам постригаться в нем трудно: архимандрит и старцы просят много вкладу, по десяти, пятнадцати и двадцати рублей, с убогого человека меньше десяти рублей не берут, а кому случится постричься у себя на подворье, то они без пяти рублей не постригут. Поэтому слобожане просили, чтоб патриарх позволил им построить монастырь у себя в городе, а строителя уже они выбрали; патриарх согласился.