При господстве религиозного одушевления измена не могла пересилить верности в Троицком монастыре, хотя измена вкралась и сюда. Если в стане осаждающих нашлись козаки, которые, мучась совестию за то, что подняли руки на обитель св. Сергия, перебегали к осажденным и сообщали им о замыслах неприятеля, зато нашлись перебежчики и между монастырскими слугами, даже между детьми боярскими, которые не стерпели сидеть в осаде, ставшей очень трудною в зимнее время. Осенью, когда было еще тепло, толпы народа могли жить на открытом воздухе, но когда начались морозы, то все столпились в кельях; отсюда страшная теснота и ее следствие - повальная болезнь, к которой присоединился еще недостаток топлива. Среди этих физических бедствий открылось и зло нравственное - вражда между монахами, несогласие между воеводами, послышались обвинения в измене. 29 марта 1609 года дочь Бориса Годунова Ксения, или Ольга, писала из Троицкого монастыря, где находилась во время осады, к одной своей тетке, что она «в своих бедах чуть жива, совсем больна вместе с другими старицами, и вперед ни одна из них себе жизни не чает, с часу на час ожидают смерти, потому что у них в осаде шатость и измена великая». Стрельцы и монастырские служки жаловались на архимандрита и братию, что плохо их кормят; архимандрит писал царю в оправдание: «Как сели в осаде, все люди едят троицкий хлеб, а своего у них было мало запасено, и деньги, что кому пригоже, даем. А как в казне денег не стало, то мы собирали с братии по рублю с человека, а с иных по полтине: другим, кому надобно, занимаем да даем. Мы говорили ратным людям: ешьте в трапезе, что братия едят, возьми мое архимандричье себе, а свое передо мной поставь; но они братские кушанья просят по кельям, потому что в трапезе ставят перед четверыми столько же, сколько по кельям пойдет одному: в кельях-то у них жены да дети, а у иных жонки. А нам смирить себя больше уже не знаем как? Едим с братиею с Филиппова заговенья сухари с хлебом. В осаде нам теснота и нужда великая: по дрова не выпустят, от келий кровли, задние сени и чуланы уже пошли на дрова, теперь жжем житницы».