Одолев наконец воеводу, козаки и переяславцы ворвались в соборную церковь, где заперся Филарет с толпами народа, и, несмотря на увещания митрополита, вышедшего с хлебом и солью, выбили двери, перебили множество людей, поругали святыню; сам летописец говорит, что все это было сделано не литовскими людьми, а своими, переяславцами: такой поступок последних трудно объяснить иначе, как историческою враждою Переяславля к Ростову. Филарета с бесчестием повезли в Тушино, где ждали его почести еще более унизительные,чем прежнее поругание: самозванец из уважения к его родству с мнимым братом своим, царем Феодором, объявил его московским патриархом, и Филарет должен был из Тушина рассылать грамоты по своему патриаршеству, т. е. по областям, признававшим самозванца. Так, дошла до нас его грамота к Сапеге об освящении церкви; она начинается: «Благословение великого господина, преосвященного Филарета, митрополита ростовского и ярославского, нареченного патриарха московского и всея Руси».
Ростовские беглецы смутили и напугали жителей Ярославля, лучшие из которых, покинув домы, разбежались; остальные с воеводою своим, князем Федором Борятинским, отправили повинную в Тушино: «Милость, государь, над нами, над холопами своими, покажи, вину нашу нам отдай, что мы против тебя, государя, стояли, по греху своему неведаючи; а прельщали нас, холопей твоих, твои государевы изменники, которые над тобою умышляли, сказывали нам, что тебя на Москве убили, и в том мы перед тобою виноваты, что тем твоим государевым изменникам поверили: смилуйся над нами, вину нашу нам отдай: а мы тебе, государю, ради служить и во всем прямить и за тебя, прирожденного государя, умереть; смилуйся пожалуй, чтобы мы на твою царскую милость были надежны». Посл этого Борятинский послал в Вологду к тамошнему воеводе Пушкину наказ и целовальную запись: Пушкин присягнул по примеру Борятинского; последний отправил наказ в Тотьму, и тотмичи «от нужды со слезами крест целовали».