В обязанности членов совета входило также посещение тюрем и разбср апелляций на приговоры ординарных и придворных алькальдов. Таким образом, за советом оставалось право окончательного решения всех важных дел, что превращало его во влиятельный орган, внешне независимый, но фактически полностью подчиненный королю.
Судя по одному разделу «Хроники» Эрнандо дель Пульгара, совет делился на секции «высокой политики», в которой председательствовали короли, административную, финансовую и др. Возможно, однако, что некоторые из этих секций в действительности не были частью Королевского совета, а являлись отраслевыми центральными органами, которые ведали различными областями государственного управления. По крайней мере ясно различали (о чем свидетельствует один документ 1493 г.) собственно Королевский совет и другие советы, с иными функциями и составом. Позднее были созданы органы, независимые от Королевского совета: Высший совет инквизиции, Совет духовно-рыцарских орденов и Совет по делам Индий. Все эти учреждения созданы были для управления кастильской территорией. Арагонские владения также имели свои особые советы. Пульгар, под 1480 г., сообщает о советах, в состав которых входили «дворяне и ученые, уроженцы Арагона, Каталонии, Сицилии и Валенсии, для решения дел, касающихся этих провинций в соответствии с их особыми фуэрос и обычаями». 19 ноября 1494 г. король Фердинанд создал постоянный Королевский совет Арагона, а в 1493 г. попол нил чрезвычайный совет при хустисье пятью учеными-законоведами.
Советы были верхушечными органами бюрократического аппарата, который значительно вырос и усложнился при Фердинанде и Изабелле. Так, в конце XV в. появляются королевские секретари, должностные лица с вполне определенными функциями, не обладавшие, однако, правами личной юрисдикции; секретари, будучи доверенными лицами монархов, порой оказывались в большом фаворе у них и становились влиятельными персонами.