Казнь совершалась в присутствии нотариуса. Возможно, что в некоторых случаях казнь происходила на том же самом месте, где устраивалось аутодафе, тотчас же после оглашения приговора, о чем свидетельствуют рисунки, относящиеся к тому времени. Однако обычно, вручив осужденных светской власти, судьи инквизиции удалялись вместе со своими приближенными.
Но дело не ограничивалось наказанием физическим, поскольку последнее всегда сопровождалось конфискацией имущества осужденного; кроме того, инквизиция могла накладывать денежные штрафы и требовать возмещения судебных издержек. Конфискованное имущество поступало королю; но так как за счет конфискованных имуществ производилась оплата всех должностных лиц инквизиции, то фактически фонды эти поступали в пользу инквизиционного трибунала. На этой почве происходило немало конфликтов не только между королями и инквизиторами, но и между папами и монархами. На ассамблее инквизиции, собравшейся в Вальядолиде 27 октября 1488 г. под председательством Торкемады, было решено (постановление XIII) просить королей, чтобы они заботились прежде всего о выплате жалования инквизиторам и иным должностным лицам инквизиции, так как «в прежние времена... эти лица не получали своего жалования во-время и в соответствии с распоряжением их высочеств... а если окажется невозможным исправить положение, то может произойти множество осложнений и нашему святому делу будет нанесен ущерб»; при этом инквизиторы указывали, что, в случае если неоткуда будет изыскать средства для оплаты жалования, они вынуждены будут продать имеющееся в их распоряжении имущество и другие вещи на сумму, которая могла бы обеспечить выплату жалования. Бесспорно, чинились при этом злоупотребления, потому что одной инструкцией, данной в Авиле 25 мая 1488 г., отмечается, что инквизиторам «ради получения жалования не следует налагать штрафов и наказаний больших, чем велит закон».