Епископ Акупья, находившийся в Толедо, бежал, однако вскоре был захвачен в Наваррете (провинция Логроньо). Те самые кастильские города, которые прежде восставали, теперь послали свои войска в распоряжение королевских правителей для борьбы с французами, захватившими почти всю Наварру. Этим они доказали свою полную лойяльность. Вскоре покорились города Мадрид и Мурсия.
В этой обстановке нужна была снисходительность. За мягкие меры по отношению ко всем восставшим стояли наместники, которые всячески ходатайствовали об этом перед королем. Им противодействовали члены королевского совета и придворные-фламандцы. Не трудно догадаться, к чему склонялся сам Карл, если учесть, что он высадился с армией, насчитывавшей 4000 немецких солдат, и с большой свитой фламандских фаворитов и слуг. Намерения Карла не оставляли ебмцений. Совет начал вести процесс за процессом. Вскоре было обезглавлено 24 видных деятеля движения комунерос, главным образом депутатов от городов. Эта жестокая расправа, уже после того как исчезла всякая опасность, была плохо встречена в Испании. Адмирал в своих письмах неоднократно указывал королю на неполитичность подобных действий и среди прочих приводимых им доводов указывал, что амнистия была обещана от имени короля. Одновременно он советовал королю принять разумные меры к предотвращению подобных восстаний в дальнейшем. Карл не посчитался с адмиралом, как не посчитался и с Си» снеросом в 1517 г. Процессы, конфискация имущества и всякие другие преследования продолжались вплоть до амнистии 28 октября, которая, впрочем, не распространялась на военнослужащих королевской армии, примкнувших к комунерос, а также на ряд других лиц, упомянутых выше.
Большинство лиц, на которых не распространялась амнистия, было приговорено к разным наказаниям, даже к смерти. Лишь некоторые получили прощение по ходатайству королевских прокуроров и других ответственных лиц. Король требовал выдачи всех бежавших в Португалию, но получил отказ. ГрафСальватьерра, взятый в плен, умер в 1524 г. в бургосской тюрьме.