Полученные им инструкции требовали не только подавления ереси, но и подавления всякого движения, направленного на возрождение традиционной автономии Нидерландов, или всего, что хоть сколько-нибудь походило на оппозицию или протест против централизаторской политики короля. А в этом были повинны многие знатные католики и духовенство, которые протестовали против реформы местного епископата. На них-то и обрушился в первую очередь герцог.
Альба прибыл в Брюссель 22 августа 1567 г. С ним была десятитысячная армия, состоявшая из испанцев и итальянцев и лишь частично из местных людей. Таким образом, уже одно это возрождало одну из первых причин недовольства фламандцев. Спустя несколько дней (9 сентября) Альба изменнически захватил Эгмонта, Горна и других знатных фламандцев, приглашенных им на банкет. Альба создал специальный «трибунал по расследованию беспорядков», получивший в народе название «кровавого трибунала» за ту ужасную свирепость, с какой он действовал. Был день, когда этот трибунал приговорил к смерти сразу 500 человек. Шпионы и специальные агенты рыскали по всей стране, собирая донос за доносом. Среди судей особенно выделялся своей жестокостью Хуан де Варгас, испанец, покровительствуемый Альбой. Его жестокость доходила до такой степени, что даже его коллеги, устрашенные ужасающим количеством смертных приговоров, отказались заседать вместе с ним.
Напрасно восставали против такой политики и просили о ее смягчении многие католики и приверженцы короля и даже сам германский император. Филипп не смещал герцога, и тот попрежнему продолжал свою террористскую политику, полагая, что это единственное средство полностью подчинить страну. Вскоре событи показали, к каким последствиям вела эта политика.
Оранский с помощью нескольких немецких князей и некоторых городов Голландии сделал попытку поднять страну против герцога Альбы, организовав вооруженное вторжение.