Мало этого, Филипп II уничтожил таможенные барьеры на кастильской границе, улучшил администрацию, провел крупные работы по улучшению судоходства по реке Тахо, уменьшил безработицу и укрепил национальное законодательство. Аннексия не слишком задевала Португалию и внешне проявлялась только в наличии общего с Испанией монарха и представлявшего его вице-короля, в содержании некоторого количества испанских войск и в обложении не слишком обременительными налогами. Знать (подкупленная еще до аннексии различными уступками и окончательно задобренная на кортесах в Тома-ре, где она проявила себя весьма падкой на подачки) и буржуазия были решительными сторонниками унии с Испанией и нимало не думали о борьбе за независимость.
Иначе обстояло дело с духовенством и служителями духовных орденов, в первую очередь иезуитами. Они были, без всякого сомнения, противниками той политической ситуации, которая сложилась в результате победы Филиппа П. Их оппозиционность отчетливо проявилась в правление Филиппа III. Поводом послужило намерение герцога Лермы отменить ограничительные законы против португальских евреев и даже предоставить им равные права с христианами. Это совпало с некоторым увеличением налогов, чем воспользовались иезуиты, чтобы возбудить страну и внести разлад в ее управление.
Оливарес с самого начала своей деятельности заинтересовался португальской проблемой. В докладной записке, представленной королю, о которой мы уже говорили в связи с каталонскими делами, Оливарес отмечал некоторые неблагоприятные обстоятельства. По его мнению, таковыми являлись: почти постоянное отсутствие короля; дезорганизация финансовой системы; продажность чиновников; недостаточное уважение к королевским приказам; недоверие к «новым христианам», то есть обращенным евреям. Он предлагал устранить вышеперечисленные недостатки, а также провести постепенную взаимную ассимиляцию кастильцев и португальцев.