Вестфальский мир 1648 г. сократил количество союзников Португалии. Несмотря на увеличение армии за счет наемников, набранных в Ирландии, Германии и Италии, сторонники Жуана IV потерпели ряд поражений. Войска Филиппа IV овладели Оливенсой и могли бы продвинуться еще дальше, если бы не непонятная медлительность испанских генералов. Пиренейский мир лишил Португалию открытой французской помощи, хотя Мазарини продолжал помогать ей тайно.
Жуан IV, заключивший в 1654 г. договор с Кромвелем, перезаключил его в 1661 г. с Карлом II. По этому договору Португалия за большие уступки получала полную поддержку со стороны Англии. В год заключения Пиренейского мира португальцы нанесли у Элваша поражение испанским войскам дона Луиса де Аро. В 1661 г. во главе испанских войск был поставлен дон Хуан Австрийский, который повел энергичное наступление, занял Алемтежу и захватил (1663 г.) Эвору и Алкасер де Сал. Однако в том же году—как всегда, из-за полного- безденежья—он был вынужден сократить свои широкие наступательные действия, тем более, что под Амежалем он был разбит французским маршалом Шомбергом. Воспользовавшись этим, португальцы под командованием способного военачальника графа Кастел,-мельор не только выиграли несколько сражений, но и освободили Алемтежу и вступили в Эстремадуру.
Победа под Вильявисьоса (1665 г.), одержанная над армией преемника Хуана Австрийского—графа Карасены, окончательно обеспечила независимость Португалии и положила конец войне. В том же году умер Филипп IV. Его наследник в течение некоторого времени вел войну, и даже не без успеха, несмотря на помощь португальцам со стороны Франции. Наконец, 13 февраля 1668 г. испанский король при посредничестве Англии признал фактическое положение дел специальным мирным договором, по которому португальскому королевству возвращались все его старые колонии (за исключением тех, которые были захвачены голландцами, и тех, которые захватили союзники Португалии, воспользовавшись затруднениями последней). Испания получила от Португалии только одну крепость—Сеуту.