Адриан, по всей видимости, предоставлял членство в Мусейоне как расхожую милость14. Но даже и во II в. в Мусейоне еще были именитые ученые, как, например, филологи Аполлоний Дискол, Гар-пократион и Гефестион, математик Менелай, врач Соран, астроном и географ Клавдий Птолемей.
Общий кризис, охвативший Римскую империю в III в., не обошел стороною и центр александрийской учености. Мусейон сильно пострадал при Каракалле, который в 216 г. отдал Александрию на разграбление своим солдатам (Dio Cass., LXXVII, 22), однако еще в середине III в. там преподавал такой крупный математик, как Диофант. Во время смут при Аврелиане, в 269/270 или 273 г., главные здания Мусейона (в Брухейоне) были разрушены, однако преподавание (по-видимому, в Серапей-оне) продолжалось. Главное значение Мусейона для будущего состояло тогда в его косвенном воздействии на учителей христианской церкви в Александрии. Остававшаяся во все времена языческой, эта ученая школа погибла окончательно при Феодосии I вследствие его распоряжений о запрещении языческих культов и разрушении языческих святилищ. Тогда александрийские христиане разгромили Серапейон, на руинах которого они воздвигли свою церковь (391 г.). Последним известным по имени членом Мусейона был Феон, отец Гипатии, погибшей в 415 г. С гибелью Александрийского Мусейона практически пресеклась античная традиция научно-учебных центров с таким наименованием. Наследники имени, музеи нового времени служат иному назначению — сохранению художественных, литературных или научных коллекций, не исключающему, впрочем, естественно сопряженных с этим известных научных занятий.