Торговые льготы раздавались городам значительно более скупо, чем в предшествовавшую эпоху.
Выступления городов жестоко подавлялись. Наиболее крупным из них было вспыхнувшее в 1232 г. восстание Мессины, Сиракуз и некоторых других сицилийских городов. Когда вставший во главе войска Фридрих вступил в Мессину, он повесил и сжег вождей восстания. Некоторые сицилийские города (Ченторби и др.) подверглись полному разрушению. После взятия восставшего в 1240 г. Беневенто его стены и башни были срыты. Когда жители небольшого города Читта-Сан-Анджело проявили, по выражению Фридриха, «злокозненность», король приказал стереть город с лица земли, часть жителей казнить, а остальных выселить (1239 г.). «Мы желаем, чтобы это поселение навеки опустело»,— писал Фридрих юсти-циарию Абруцц.
Начатое в норманскую эпоху строительство централизованной феодальной монархии завершилось в первой половине XIII в. Связь государственного аппарата с ленной системой была полностью порвана. Должностными лицами являлись не вассалы короля, а чиновники; при их назначении не считались с тем, какое место эти лица занимали в системе феодальной иерархии, а зачастую их вербовали из горожан. Они всецело зависели от центральной власти и получали от нее определенное жалованье. В это время сильно разросся государственный аппарат, в особенности его центральная часть, выделялись отдельные ведомства — судебное, финансовое и др. Созданный Фридрихом бюрократический аппарат во многих отношениях предвосхитил те, которые сформировались позднее в других странах Европы.
Фискальную политику Фридрих II всецело подчинял главной цели — борьбе за империю, требовавшей огромных средств. Немалых денег стоило и содержание огромного аппарата управления, двора, строительство крепостей в королевстве. В методах изыскания средств и выжимания все новых и новых денег из своих подданных Фридрих намного опередил других государей Западной Европы. Перенятую у норманнов разветвленную систему налогов и пошлин он дополнил новыми поборами, позаимствовав их большей частью у арабов.