На самом деле причиной такой мешанины была река Влтава, разделяющая город на две примерно равные части. Первые дома строились на возвышениях и островках между вымоинами, которые оставляли многочисленные разливы. Самые большие дома - королевские дворцы - возводились на самых высоких местах: Пражский Град - на холме, возвышающемся над левым берегом, Вышеград - над правым. Левый берег вообще выше правого и потому страдал в основном не от наводнений, а от пожаров. Мала Страна, район под Пражским Градом, в Средние века пару раз уничтожался огнем дотла. Не лучше пришлось и Градчанам - небольшому кварталу сразу за воротами Града.
Отгораживаться от короля холмами граждане не хотели: левобережная Прага в Средние века была застроена компактно и далеко от Града не расползалась. Даже бывший город Смихов, сосед Малой Страны с юга, присоединенный к столице в XIX веке, теперь считается одним из центральных районов. Другой район на левом берегу, но к северу от Малой Страны, Холешовице, до XIX века был королевскими охотничьими угодьями и до сих пор славится своими парками. Дальше, всего через пару-тройку километров от Града, на юг, север и запад тянутся новые промышленные и спальные районы, заглядывать в которые стоит только по важному делу.
Правый берег реки ровнее (конечно, по пражским, а не по московским и уж никак не по питерским меркам), и потому старый город там больше. К тому же, если топографию левого берега диктовала обосновавшаяся там власть, то на планировку правого влияла исключительно экономика. Здесь находились городские рынки, и чем лучше шла торговля, тем больше купцов и ремесленников селилось вокруг. Там же, подальше от резиденций короля и епископа и поближе к торговле, нашли прибежище евреи, выстроившие свое гетто на доброй четверти Старого Места, Йозефове. По размеру эта четверть была почти со всю Малу Страну. А когда Карл IV выстроил за Старым Местом еще и Новое, правобережная часть города совсем ушла в отрыв.