В стенах по обе стороны от входа в святая святых находятся девять ниш. По-видимому, прежде в них стояли девять изваяний Хатшепсут. По краям стены две маленькие часовни. Левая, на юге (№ 14), посвящена божественной паре – Амону и Амаунет.
В этом святилище Хатшепсут и Тутмос III совершают ритуальное возлияние для Амона и своих предшественников – Тутмосов I и II и царицы Яхмес.
Птолемей II Эвергет возвел перед высеченным в скале святилищем Амона времен Хатшепсут небольшой портик и добавил к нему еще одно помещение. В самой дальней части этого храма в ту эпоху процветали культы Имхотепа, Аменхотепа, сына Хапу и греческой богини Гигии, дочери Асклепия, с которым греки отождествляли Имхотепа. Заупокойный храм царицы Хатшепсут в те времена стал лечебницей, находившейся под покровительством Имхотепа-Асклепия.
Позднее в храме Хатшепсут был устроен христианский монастырь, руины которого разобрал египтолог Эдуард Навилль.

Тайники Дейр эль-Бахри
При последних Рамессидах в Фивах начались серьезные волнения. Расхитители гробниц, жадные до золота и драгоценностей, перестали опасаться стражей некрополей и принялись разрушать царские захоронения.
Жрецы решили спрятать некоторые мумии. Одним из наиболее надежных мест считали, очевидно, Дейр эль-Бахри, и поэтому там устроили два тайных захоронения. Первое – под плиточным полом вестибюля, который ведет к святилищам Тутмоса I и Хатшепсут. Там были обнаружены саркофаги высших жрецов Амона, датированные эпохой Позднего царства.
Во втором тайнике также хранились бесценные реликвии. Около храма с южной стороны были вырыты шахта глубиной 12 м и коридор длиной 70 м, которые вели к большому подземному залу. Там хранились мумии фараонов XVIII и XIX династий, останки Аменхотепа I, Тутмоса II, Сети I и Рамсеса II.