Кроме того, некоторые права аудиенсий ставили их выше вице-короля. Последний, по условиям королевского указа, имел право распределять церковные приходы и, кроме того, назначал низших чиновников; как представитель короны он руководил финансовым управлением, хотя для определения новых расходов ему необходимо было предварительное согласие короля.
Вице-королям принадлежало также право помилования. Столь широкие полномочия не исключали, однако, большого количества королевских инструкций, которые в известные моменты или в известных обстоятельствах определяли поведение вице-королей. Некоторые примеры тому мы видели в разделе политической истории. Однако вице-короли и другие представители высшей власти в каждой области имели право (подтвержденное в грамоте 1528 г.) приостанавливать исполнение этих приказов, если они «влекли за собой общее возмущение или непоправимый вред», причем о каждом таком случае они должны были немедленно докладывать королю. В конце концов вице-королей подчинили королевской инспекции и им было запрещено (так же, как оидорам и другим чиновникам) заключать «всякого рода договоры и сделки».
Аудиенсий действовали, как королевский совет или совет оидоров, в качестве консультативного органа при вице-королях для решения правительственных дел, причем мнение оидоров для вице-королей не было обязательным. Вместе с тем аудиенсий ведали разбором апелляций, вызванных решениями вице-королей. При возникновении конфликта, до решения Индийского совета, приоритет оставался за аудиенсией, которая также заменяла вице-королей в случае их отсутствия или болезни. На правах исполнительной власти аудиенсий принимали участие в военных делах (ревизия эскадр), в финансовых (налог «буллы крестовых походов»), церковных (патронат, создание церквей, королевское право утверждения папских булл, надзор за духовными властями с правом наказания). Совместно с вице-королями аудиенсий проверяли также деятельность нижестоящих властей, назначая для этого специальных чиновников.